ระบบทางเดินอาหารในทารกแรกเกิดเป็นส่วนสำคัญสำหรับการดูแลสุขภาพและการเจริญเติบโตของทารก ระบบนี้ประกอบด้วยท่ออาหารทั้งหมดที่ใช้ในกระบวนการย่อยอาหารและการดูดซึมสารอาหารเข้าสู่ร่างกาย เมื่อทารกเกิดมาแล้ว ระบบทางเดินอาหารจะเริ่มทำงานตั้งแต่ช่วงแรกๆของชีวิต
ด้วยการเริ่มต้นด้วยอาหารที่ได้รับจากร่างกายของแม่ผ่านช่องปาก ทารกจะเริ่มดำเนินกระบวนการย่อยอาหาร ทารกที่ยังเพียงแค่เกิดมาไม่กี่วัน และอวัยวะที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการย่อยอาหารก็ยังไม่เต็มที่ ทำให้การย่อยอาหารเป็นไปได้ยาก อาหารจะไม่ถูกย่อยบริเวณลำไส้ใหญ่และแย่งแรงงานจากกิ่งอ้อยอื่นๆในระบบทางเดินอาหาร ซึ่งส่งผลให้ทารกมีโอกาสท้องเสียสูง อาการท้องเสียที่พบบ่อยที่สุดในทารกแรกเกิดคือท้องเสียที่เกิดจากอาหารที่ยังไม่ได้ย่อยให้เหมือนที่ควร และระบบทางเดินอาหารที่ยังไม่สมบูรณ์
อาการท้องเสียในทารกแรกเกิดจะแสดงออกมาเป็นรอยพ้องว่าทารกท้องเสียมีลักษณะของขี้เหลว ขี้เหลวมีลักษณะน้ำ ไม่มีเนื้อ เมื่อทารกท้องเสียอาจมีการแสดงอาการอื่นๆร่วมด้วย เช่น ไข้สูง เลือดออกในอุจจาระ หรืออาการท้องเสียทีแก่แคะแสดงว่าทารกมีความผิดปกติในระบบทางเดินอาหารเป็นอย่างมาก
การรักษาอาการท้องเสียในทารกแรกเกิดจำเป็นต้องสอดแผลให้ทารกท้องเสียได้น้ำมากขึ้น เพื่อป้องกันการเกิดภาวะขาดน้ำและของเสียเกินไป ผู้ปกครองควรให้ทารกดื่มน้ำเปล่าหรือน้ำนมแม่บ่อยๆ และรับประทานนมแม่เพิ่มเป็นปกติ เมื่อทารกท้องเสียแล้วอาจไม่อยากทานนมแม่ดักอาสารได้ ดังนั้น ควรให้นมแม่บ่อยๆ เพื่อรักษาความเสียหายจากโรคที่ทารกเกิดขึ้น อีกวิธีหนึ่งที่สามารถป้องกันการรับเชื้อโรคจากขอดอินทรีย์ในนมแม่ได้คือการทำความสะอาดทุกตำแหน่งที่เกี่ยวข้องกับการรับประทานนมของทารก
ระบบทางเดินอาหารในทารกแรกเกิดจะเปลี่ยนแปลงและเจริญเติบโตอย่างต่อเนื่องตามวัยของทารก เมื่อเข้าสู่ระยะเด็กเล็ก ทารกจะมีระบบทางเดินอาหารที่เจริญเติบโตเต็มที่ และเริ่มทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ อาการท้องเสียจะลดลง และระบบย่อยอาหารของทารกจะเริ่มแข็งแรงขึ้น ทำให้ทารกสามารถย่อยอาหารและดูดซึมสารอาหารที่จำเป็นต่อการเจริญเติบโตได้ดีขึ้น อย่างไรก็ตาม ผู้ปกครองควรให้ความสำคัญในการให้ทารกรับประทานอาหารที่มีคุณค่าทางโภชนาการ เพื่อสร้างพังผืดที่ดีในระบบทางเดินอาหารและส่งเสริมการเจริญเติบโตอย่างเหมาะสมของทารกในระยะเด็กเล็ก จึงจะสามารถเพิ่มความสูงและน้ำหนักได้ตามเกณฑ์ที่เหมาะสม